全所現(xiàn)有職工207人，中科院院士1人。其中科技人員166人，研究員15人，副研究員、高級工程師37人，中級科技人員65人，設有1個博士和3個碩士的學位授予點；現(xiàn)有博士研究生70人，碩士研究生77人。1996年被批準建立博士后工作站。

　　現(xiàn)設立了系統(tǒng)動物學研究室、遺傳與進化研究室、靈長類生物學研究室、動物毒素研究室、保護生物學中心、中國科學院典型培養(yǎng)物保藏委員會昆明細胞庫等6個研究機構(gòu)，有中國科學院“細胞與分子進化研究重點實驗室”1個、中國科學院與云南省共建的“動物生殖生物學重點實驗室”和“畜禽分子生物學重點實驗室”2個，中國科學院-馬普青年科學家小組2個；動物標本館珍藏各類動物標本56萬號，模式標本300余種，與世界13個國家和地區(qū)建立了標本交換關(guān)系，是我國西南地區(qū)最大的動物標本館。2003年，在此基礎上，院省共建的昆明動物博物館的建設已基本完工。在研究所原址擴建的靈長類實驗動物中心是中科院3大實驗動物中心之一；2003年為承擔國家“SARS”攻關(guān)任務而緊急改擴建的P3級生物安全實驗室，是科技部認證的我院唯一可作大動物感染模型的生物安全實驗室。圖書情報信息網(wǎng)絡中心有中、外文科技藏書3.6萬冊，中外文科技期刊15.3萬冊。有激光共聚焦顯微鏡、流式細胞儀、蛋白純化系統(tǒng)、定量PCR檢測系統(tǒng)等先進的儀器裝置。

　　知識創(chuàng)新以來，研究所共承擔各類科研項目299項，其中國家級項目74項，中國科學院項目88項，地方項目68項，國際合作項目14項，企業(yè)委托36項，其他項目19項。共發(fā)表各類科技文章604篇，SCI收錄刊物上發(fā)表研究論文319篇；出版著作30部；申請并受理專利52項，獲權(quán)17項。獲獎成果20余項，其中4項成果榮獲省部級一等獎。